يدير مجلسُ الأمناء معهدَ الدوحة بوصفه سلطة تنفيذية عليا فيه، ويصوغ السياسات لعملياته الداخلية، مسترشدًا بالصلاحيات الممنوحة له بموجب اللائحة المؤسسية للمعهد. وينتخب المجلس من بين أعضائه اللجان الدائمة (اللجنة التنفيذية، ولجنة الترشيحات، ولجنة الشؤون الأكاديمية، ولجنة الشؤون الماليّة والتخطيط، ولجنة التدقيق المالي والإداري، ولجنة الرواتب والعلاوات). لا يقلّ عدد الأمناء عن تسعة، ولا يزيد عن خمسة عشر عضوًا.

يرتبط مجلس الأمناء بمعهد الدوحة عبر رئيسه، ويعمل بصورة وثيقة لتقويم أداء المعهد، ويشرف على التخطيط المؤسسي فيه، وعلى شؤونه على المدى البعيد، بما في ذلك التخطيط المالي والأكاديمي والتنظيمي. على المستوى الإستراتيجي، يضمن المجلسُ التزامَ المعهد بالأطراف الراعية والجهات المعنية الرئيسة. أمّا على المستوى العملي، فيضمن المجلس تنفيذَ جميع السياسات والخطط والميزانيات التي يقترحها الرئيس ويوافق عليها مجلس المعهد.

عقد مجلس أمناء معهد الدوحة اجتماعه الأول في عام 2015.